La idea de hacer esta biblioteca surgió en 1792, para servir de apoyo a la formación de los oficiales de la Armada, aunque realmente la Biblioteca se creó mucho después, y como una sección del Museo Naval en 1856, con la idea de reunir en ella todos los manuscritos, cartas y planos que existían “en el Ministerio del ramo, en el Depósito Hidrográfico, Observatorio Astronómico de San Fernando, y demás establecimientos marítimos, exceptuando los que sean necesarios para el uso y especial servicio de los mismos”.