Los archivos militares están incluidos dentro del Sistema Archivístico de la Defensa y divididos, según los tres cuerpos, en los siguientes subsistemas: Armada, Ejército de Tierra y Ejército del Aire. Existe además un cuarto subsistema, el del órgano Central, que abarca todos los demás organismos dependientes del Ministerio de Defensa no incluidos en los anteriores.